В 2016 году в  Мингячевирском Государственном Университете  начала свою деятельность новая структура – ​​отделение магистратуры. С 2016/2017 учебного года в университете начался прием в магистратуру в университете  по 12 специальностям.

- 060101 Преподавание азербайджанского языка и литературы;

- 060103 Преподавание  иностранного языка (по языкам);

- 060105 Преподавание математики;

- 060113 Преподавание информатики;

- 060115 Преподавание в начальных классах

- 060404 Экономика;

- 060405 Организация и управление промышленностью

- 060608 Электроэнергетика;

- 060609 Теплоэнергетика;

- 060622 Наземный транспорт;

- 060632 Инженерия  информационных технологий и систем.

- 060649 Инженерная экология.

В целях повышения эффективности управления, повышения гибкости процесса принятия и реализации решений, создания условий для использования передового отечественного и международного опыта в 2019 году в МГУ создан отдел по работе с магистрантами и докторантами.

С 2020/2021 учебного года  начался  прием в магистратуру еще по 2 специальностям:

- 060409 Управление бизнесом;

- 060410 Государственное и муниципальное управление;

В 2022 году был создан «Учебный центр магистратуры и докторантуры».

С 2022/2023 учебного года начался прием в магистратуру еще по 1 специальности:

- 060111 Преподавание истории