2016-cı ildə Mingəçevir Dövlət Universitetində yeni struktur - Magistratura sektoru fəaliyyətə başlamışdır. 2016/2017-ci tədris ilindən universitetdə magistratura təhsil səviyyəsinə qəbul 12 ixtisas üzrə başlanmışdır.

- 060101 Azərbaycan dili və ədəbiyyatı müəllimliyi;

- 060103 Xarici dil müəllimliyi (dillər üzrə);

- 060105 Riyaziyyat müəllimliyi;

- 060113 İnformatika müəllimliyi;

- 060115 İbtidai sinif müəllimliyi;

- 060404 İqtisadiyyat;

- 060405 Sənayenin təşkili və idarə edilməsi;

- 060608 Elektroenergetika mühəndisliyi;

- 060609 İstilik energetikası mühəndisliyi;

- 060622 Yerüstü nəqliyyat vasitələrinin mühəndisliyi;

- 060632 İnformasiya texnologiyaları və sistemləri mühəndisliyi;

- 060649 Ekologiya mühəndisliyi.

İdarəetmənin səmərəliliyinin yüksəldilməsi, qərarqəbuletmə və icra prosesində çevikliyin artırılması, qabaqcıl yerli və beynəlxalq təcrübədən istifadəyə şərait yaradılması məqsədilə 2019-cu ildə MDU-da Magistratura və doktorantlarla iş şöbəsi yaradıldı.

2020/2021-ci tədris ilindən daha 2 ixtisas üzrə magistratura təhsil səviyyəsinə qəbul aparılmağa başlandı:

- 060409 Biznesin idarə edilməsi;

- 060410 Dövlət və bələdiyyə idarəetməsi;

2022-ci ildə "Magistratura və Doktorantura Təhsil Mərkəzi" yaradıldı.

2022/2023-cü tədris ilindən daha 1 ixtisas üzrə magistratura təhsil səviyyəsinə qəbul aparılmağa başlandı:

- 060111 Tarix müəllimliyi