2016-cı ildə Mingəçevir Dövlət Universitetində yeni struktur – Magistratura sektoru fəaliyyətə başlamışdır. 2016/2017-ci tədris ilindən universitetdə magistratura təhsil səviyyəsinə qəbul 12 ixtisas üzrə başlanmışdır.

– 060101 Azərbaycan dili və ədəbiyyatı müəllimliyi;

– 060103 Xarici dil müəllimliyi (dillər üzrə);

– 060105 Riyaziyyat müəllimliyi;

– 060113 İnformatika müəllimliyi;

– 060115 İbtidai sinif müəllimliyi;

– 060404 İqtisadiyyat;

– 060405 Sənayenin təşkili və idarə edilməsi;

– 060608 Elektroenergetika mühəndisliyi;

– 060609 İstilik energetikası mühəndisliyi;

– 060622 Yerüstü nəqliyyat vasitələrinin mühəndisliyi;

– 060632 İnformasiya texnologiyaları və sistemləri mühəndisliyi;

– 060649 Ekologiya mühəndisliyi.

İdarəetmənin səmərəliliyinin yüksəldilməsi, qərarqəbuletmə və icra prosesində çevikliyin artırılması, qabaqcıl yerli və beynəlxalq təcrübədən istifadəyə şərait yaradılması məqsədilə 2019-cu ildə MDU-da Magistratura və doktorantlarla iş şöbəsi yaradıldı.

2020/2021-ci tədris ilindən daha 2 ixtisas üzrə magistratura təhsil səviyyəsinə qəbul aparılmağa başlandı:

– 060409 Biznesin idarə edilməsi;

– 060410 Dövlət və bələdiyyə idarəetməsi;

2022-ci ildə “Magistratura və Doktorantura Təhsil Mərkəzi” yaradıldı.

2022/2023-cü tədris ilindən daha 1 ixtisas üzrə magistratura təhsil səviyyəsinə qəbul aparılmağa başlandı:

– 060111 Tarix müəllimliyi

2023/2024-cü tədris ilindən daha 2 ixtisas üzrə magistratura təhsil səviyyəsinə qəbul aparılmağa başlandı:

060403 Maliyyə

060510 Ekologiya

Əlavə olaraq 2023/2024-cü tədris ilindən Mingəçevir Dövlət Universitetində MBA (Master of Business Administration) proqramı üzrə 2 ixtisaslaşmaya qəbul aparılmağa başlandı:

060409 Biznesin idarə edilməsi

            Biznesin təşkili və idarə edilməsi (ümumi təyinatlı)

             Biznesin təşkili və idarə edilməsi (maliyyə üzrə)