Bu ali təhsil müəssisəsi 1991-ci ildə M.Əzizbəyov adına Azərbaycan Sənaye Universitetinin (hazırki Azərbaycan Dövlət Neft və Sənaye Universiteti) Mingəçevir filialı kimi fəaliyyətə başlayıb. Filial regionda yerləşən sənaye müəssisələrinin ehtiyaclarına uyğun kadrların hazırlanması məqsədilə açılıb. 

1992-ci ilin avqustun 25-də filialın bazasında Mingəçevir Energetika İnstitutu yaradılıb.

1993-cü ilin avqustun 4-də Mingəçevir Energetika İnstitutu Mingəçevir Politexnik İnstitutu adlandırılıb.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 24 iyul 2015-ci il tarixli Sərəncamı ilə Mingəçevir Politexnik İnstitutunun bazasında Mingəçevir Dövlət Universiteti (MDU) yaradılıb.

MDU-nun Nizamnaməsi 2015-ci ilin avqustun 24-də təsdiq edilib və avqustun 27-də Ədliyyə Nazirliyində qeydiyyatdan keçib.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 31 iyul 2019-cu il tarixli Sərəncamı ilə Şahin Bayramov MDU-ya rektor təyin edilib.

2022-ci ilin avqustun 9-da Azərbaycan Respublikasının Nazirlər Kabineti MDU-nun Azərbaycan Respublikası Elm və Təhsil Nazirliyinin tabeliyində publik hüquqi şəxs statusuna malik olan ali təhsil müəssisəsinə çevrilmə yolu ilə yenidən təşkil edilməsi və Nizamnaməsinin təsdiq edilməsi barədə qərar qəbul edib.