Mingəçevir Dövlət Universitetinin maliyyə təsərrüfat fəaliyyətinin uçotu mərkəzi Mühasibatlıq tərəfindən aparılır.

Hazırda universitetin mühasibatlığı inkişaf edərək dövrün müasir tələblərinə cavab verən müasir proqramlar əsasında tam avtomatlaşdırılmışdır. Mühasibatlıq aşağıdakı şöbə və bölmələrdən ibarətdir.

– Əmək haqqının uçotu bölməsi

– Ödənişli təhsilin və təqaüdün uçotu

– Momerial qiymətlilərin uçotu bölməsi

– İqtisadiyyat bölməsi

– Maliyyə bölməsi

Universitetin maliyyə-təsərrüfat fəaliyyəti şöbələr və fakültələrlə əlaqənin səmərəliliyini təmin etmək, rektorluğun göstərişlərini operativ yerinə yetirmək, təhsil müəssisəsində yeni maliyyələşmə mexanizminin tətbiqində, təkliflərin hazırlanmasında rektorun maliyyə məsələləri üzrə müşaviri ilə koordinasiya olunur.